Ce qu'il faut savoir
- Certains fichiers PDB sont des fichiers de base de données de programme.
- Ouvrez-en un avec un éditeur de texte ou un programme comme Geneious.
- Convertissez vers un autre format avec le même programme qui ouvre votre fichier de base de données spécifique.
Cet article explique ce qu'est un fichier PDB, comment en ouvrir un et comment en convertir un dans un format différent.
Définition d'un fichier PDB
Un fichier avec le PDB extension de fichier est très probablement un fichier de base de données de programme utilisé pour contenir des informations de débogage sur un programme ou un module, comme un DLL ou EXE déposer. Ils sont parfois appelés fichiers de symboles.
Le fichier mappe divers composants et instructions du code source à son produit final compilé, que le débogueur peut ensuite utiliser pour rechercher le fichier source et l'emplacement dans l'exécutable auquel il doit arrêter le processus de débogage.
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Certains fichiers PDB peuvent plutôt être au format de fichier Protein Data Bank. Ce sont clairs fichiers texte qui stockent les coordonnées concernant les structures protéiques.
D'autres fichiers PDB peuvent être créés au format de fichier Palm Database ou PalmDOC et utilisés avec le mobile PalmOS. système opérateur ; certains fichiers de ce format utilisent à la place l'extension de fichier .PRC. Un autre format qui utilise cette même extension est Tanida Demo Builder.
Comment ouvrir un fichier PDB
Différents programmes utilisent leur propre fichier PDB pour stocker les données dans une sorte de format de base de données structuré, de sorte que chaque application est utilisée pour ouvrir son propre type.
Génieux , Accélérer , Visual Studio , et Pégase ne sont que quelques exemples de programmes susceptibles d'utiliser le fichier comme fichier de base de données. radars et PDBparse pourrait aussi fonctionner.
Certains fichiers PDB sont stockés sous forme de texte brut, comme les fichiers de la base de données de débogage de programme de Geneious, et sont entièrement lisibles par l'homme s'ils sont ouverts dans un éditeur de texte . Vous pouvez ouvrir ce type de fichier PDB avec n'importe quel programme capable de lire des documents texte, comme le programme Bloc-notes intégré à Windows. Certains autres visualiseurs et éditeurs compatibles incluent Bloc-notes++ et Supports .
Les autres fichiers PDB ne sont pas des documents texte et ne sont utiles que lorsqu'ils sont ouverts avec le programme auquel ils sont destinés. Par exemple, si le vôtre est lié d’une manière ou d’une autre à Quicken, essayez d’utiliser ce logiciel pour l’afficher ou le modifier. Visual Studio s'attend à voir un fichier PDB dans le même dossier que le fichier DLL ou EXE.
Vous pouvez afficher et modifier les fichiers Protein Data Bank sous Windows, Linux et macOS avec Avogadro . Ces programmes peuvent également ouvrir le fichier : Jmol , RasMol , QuickPDB , et Chimère USCF . Puisqu’il s’agit de texte brut, vous pouvez également en ouvrir un dans un éditeur de texte.
Ordinateur de bureau Palm devrait pouvoir ouvrir ce fichier s'il est au format de fichier Palm Database, mais vous devrez peut-être d'abord le renommer pour que l'extension de fichier PRC de ce programme le reconnaisse. Calibre est une autre option.
Pour ouvrir un fichier PalmDOC PDB, essayez Visionneuse STDU .
Générateur de démo Tanida ouvre les fichiers dans ce format.
Comment convertir un fichier PDB
Les fichiers de base de données du programme ne peuvent probablement pas être convertis dans un format de fichier différent, du moins pas avec un outil de conversion de fichiers standard . Au lieu de cela, s’il existe une application capable de convertir ce type de fichier, ce serait le même programme qui pourrait l’ouvrir.
Par exemple, si vous devez convertir votre fichier de base de données à partir de Quicken, essayez d'utiliser ce programme pour le faire. Ce type de conversion, cependant, est probablement non seulement peu utile, mais également non pris en charge dans ces applications de base de données (c'est-à-dire que vous n'avez probablement pas besoin de convertir ce type de fichier PDB dans un autre format).
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Les fichiers Protein Data Bank peuvent être convertis en d’autres formats avec Laboratoire de mailles . Pour ce faire, vous devrez peut-être d'abord le convertir en WRL avec PyMOL du Déposer > Enregistrer l'image sous > VRML menu, puis importez le fichier WRL dans MeshLab et utilisez le Déposer > Exporter le maillage sous pour finalement convertir le fichier PDB en STL ou dans un autre format de fichier.
Si vous n'avez pas besoin que le modèle soit en couleur, vous pouvez exporter le fichier directement en STL avec USCF Chimera (le lien de téléchargement est ci-dessus). Sinon, vous pouvez utiliser la même méthode que ci-dessus (avec MeshLab) pour convertir PDB en WRL avec USCF Chimera puis exporter WRL vers STL avec MeshLab.
Pour convertir PDB en PDF ou EPUB , si vous disposez d'un fichier PalmDOC, est possible de plusieurs manières, mais la plus simple est probablement d'utiliser un convertisseur en ligne comme Zamzar . Vous pouvez télécharger votre fichier sur ce site Web pour avoir la possibilité de le convertir dans ces formats ainsi qu'en AZW3, FB2, MOBILE , PML, PRC, TXT et autres formats de fichiers eBook.
Pour en convertir un au format FASTA, vous pouvez le faire avec Convertisseur PDB en FASTA en ligne de Meiler Lab .
Il est également possible d'enregistrer ce fichier au format CIF (format d'information cristallographique) en ligne en utilisant PDBx/mmCIF .
Vous n'arrivez toujours pas à l'ouvrir ?
Les fichiers qui ne s'ouvrent avec aucun des outils ci-dessus ne sont probablement pas réellement des fichiers PDB. Ce qui se passe peut-être, c'est que vous lisez mal l'extension du fichier ; certains formats utilisent un suffixe qui ressemble beaucoup à PDB, alors qu'ils n'ont vraiment aucun rapport et ne fonctionnent pas de la même manière.
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Par exemple, un fichier PDF est un fichier de document, mais la plupart des programmes ci-dessus ne restitueront pas correctement le texte et/ou les images si vous essayez d'en ouvrir un avec ces logiciels. Il en va de même pour les autres fichiers portant des extensions de fichier orthographiées de la même manière, comme DBF , Base de données , ADP, PD, PDE, PDC, PDO et WPD des dossiers.
PBD en est un autre qui appartient au programme EaseUS Todo Backup et n'est donc utile que lorsqu'il est ouvert avec ce logiciel.
Si vous n'avez pas de fichier PDB, recherchez l'extension de fichier de votre fichier afin de pouvoir trouver le programme approprié qui l'ouvre ou le convertit.
Lecture avancée sur les fichiers PDB
Vous pouvez en savoir beaucoup plus sur les fichiers de base de données du programme à partir de GitHub et Intellectuel .
Il y a également plus à apprendre sur les fichiers Protein Data Bank ; voir Banque mondiale de données sur les protéines et BPD RCSB .
FAQ- Comment puis-je résoudre ce problème lorsque Visual Studio ne parvient pas à trouver ou ouvrir les fichiers PDB ?
Si vous voyez un message indiquant que Visual Studio ne peut pas trouver ou ouvrir le fichier PDB, essayez d'utiliser l'outil de débogage de Visual Studio. Accédez à Outils > Options > Débogage > Symboles et sélectionnez Serveurs de symboles Microsoft.
- Comment ouvrir un fichier PDB sur Android ?
Utilisez un lecteur de fichiers tiers. Téléchargez l'application Cool Reader ou tout autre lecteur prenant en charge les fichiers PDB sur Google Play.
